Podczas zabiegu, fluor, który jest zawarty w preparacie uwalnia się z niego, wbudowuje się w szkliwo zęba i tym samym wzmacnia jego strukturę. Prowadzi do tego, że ząb staje się bardziej odporny na działanie kwasów płytki nazębnej. Fluor powoduje również remineralizację drobnego ubytku szkliwa. Związki fluoru hamują wzrost bakterii.
Fluoryzacja jest przeprowadzana po wcześniejszym mechanicznym oczyszczeniu zębów odpowiednią pastą i ich osuszeniu. Zabieg należy powtórzyć kilka razy. Najczęściej wykonuje się go u dzieci i młodzieży, chociaż nie jest wykluczone zastosowanie go u osób dorosłych.
Do fluoryzacji używa się preparatów, które zawierają duże stężenie fluoru. Pomimo tak dużego stężenia, preparaty te są bezpieczne dla zdrowia, gdyż posiadają właściwości szybko wiążące się i dobrze przylegają do powierzchni zęba, co sprawia, że fluor uwalnia się w małych ilościach.